La colaboración generalizada entre funcionarios del gobierno y paramilitares ilegales de derecha sacudió a la clase política cuando se expuso por primera vez en 2006. Los detalles de la escandalosa extensión y escala de los vínculos entre los paramilitares y los altos cargos del gobierno y el ejército -conocidos como el escándalo de la Para-Política- siguen apareciendo en los titulares. Más de 11.000 personas han sido implicadas, incluyendo alrededor de un tercio de los miembros del Senado 2006-10 y cientos de alcaldes y políticos regionales. El ex presidente Álvaro Uribe y cientos de sus antiguos funcionarios han sido implicados en el escándalo.
El líder paramilitar extraditado Salvatore Mancuso afirmó que su grupo financió la campaña de reelección de Uribe en 2006. En abril de 2012, 139 congresistas, 943 políticos, 870 militares, 330 funcionarios públicos y varios empresarios estaban siendo investigados. Cinco gobernadores y 32 legisladores fueron condenados. Sesenta parlamentarios han sido encarcelados y siete presidentes del Senado investigados entre 2002 y 2012.
El escándalo estalló después de que un alto funcionario de la policía secreta del DAS revelara que su jefe -el entonces director Jorge Noguera- había estado trabajando para los paramilitares. Las investigaciones descubrieron que el DAS y los paramilitares habían colaborado en el asesinato de líderes sindicales y de la oposición, habían perpetrado fraudes electorales a favor del presidente Uribe y habían protegido operaciones de narcotráfico de los paramilitares. Pero las revelaciones de Noguera eran sólo la punta del iceberg. Las investigaciones posteriores revelaron:
Varios políticos habían firmado un acuerdo formal con los paramilitares: el «Pacto de Ralito».
Prácticamente todos los implicados eran estrechos aliados políticos del entonces presidente Uribe, que intentó obstruir las investigaciones interfiriendo y lanzando ataques públicos contra la Corte Suprema de Justicia de Colombia, el organismo encargado de investigar a los altos cargos políticos. El ex fiscal general, Luis Camilo Osorio, que prestó sus servicios bajo el mandato de Uribe, también ha sido acusado en repetidas ocasiones de desestimar y socavar casos contra altos cargos.
Todos los miembros de Colombia Democrática -creada por el primo de Uribe, el senador Mario Uribe Escobar- han sido acusados de colaborar con los paramilitares, incluido el senador Álvaro García Romero, que organizó una masacre de campesinos junto con un escuadrón de la muerte paramilitar.
Ocho de los 15 senadores del partido Cambio Radical -uno de los tres partidos clave de la coalición del presidente Uribe- han sido investigados. Todos los senadores de otro partido de la coalición, el Movimiento Colombia Viva, menos uno, han sido acusados.
Se descubrió que varios senadores de alto rango del Partido Conservador habían colaborado con los paramilitares.
También han sido implicados altos cargos del mayor partido de la coalición de Uribe y del partido del presidente Juan Manuel Santos, el «Partido de la U». Su colíder Carlos García Orjuela fue encarcelado en 2008.
Las élites políticas siguen colaborando con grupos criminales y armados. En las elecciones al Congreso de 2014, 69 candidatos que se cree que tienen vínculos con grupos ilegales obtuvieron escaños. Más de 140 candidatos a las elecciones de 2015 están siendo investigados por sus vínculos con los recién estructurados paramilitares.