Más de 4.700 personas inocentes han sido asesinadas para engrosar las cifras de la guerra en el marco del escándalo de los falsos positivos: asesinatos de civiles por parte de las fuerzas del ejército o del Estado que luego se presentan como muertes de combatientes de la guerrilla. A finales de 2010, la ONU había documentado miles de víctimas de la Directiva 29 del Ministerio de Defensa, una orden secreta que establecía un sistema de recompensas económicas, tiempo libre y ascensos por matar guerrilleros.
El entonces comandante del Ejército, el general Mario Montoya, exhortó a las tropas a producir «litros de sangre». Los grupos de derechos humanos informaron de un aumento de las ejecuciones extrajudiciales a finales de 2005, denunciando que los soldados estaban asesinando a jóvenes y niños, vistiendo sus cuerpos con uniformes y presentándolos como guerrilleros muertos en combate a cambio de recompensas.
A mediados de 2007, las organizaciones de derechos humanos habían documentado casi mil casos. El gobierno respondió atacando a los defensores de los derechos humanos, tratando cínicamente de vincularlos a la guerrilla, para desacreditar su trabajo. En septiembre de 2008, salió a la luz el ahora tristemente célebre caso de Soacha, cuando las familias de 23 jóvenes desaparecidos en un barrio pobre de Bogotá descubrieron que sus seres queridos habían sido asesinados y enterrados a cientos de kilómetros de distancia por el Ejército, que afirmó que eran guerrilleros muertos en combate.
Las investigaciones revelaron que el Ejército había creado una falsa agencia de empleo para atraer a los jóvenes con promesas de trabajo. Las víctimas eran luego ejecutadas. Ante el aumento de las ejecuciones extrajudiciales, la Alta Comisionada de la ONU para los Derechos Humanos, Navi Pillay, acusó al Ejército de ejecuciones extrajudiciales «sistemáticas y generalizadas», calificando la magnitud de los asesinatos de «crimen contra la humanidad». El profesor Philip Alston, relator especial de la ONU sobre ejecuciones extrajudiciales, acusó al ejército de «asesinato premeditado y a sangre fría de civiles inocentes con fines de lucro» y de «acoso sistemático a los supervivientes».
El profesor Alston refutó las afirmaciones de que los asesinatos fueron llevados a cabo a pequeña escala por unas pocas manzanas podridas: «El gran número de casos, su dispersión geográfica y la diversidad de unidades militares implicadas, indican que estos asesinatos fueron llevados a cabo de forma más o menos sistemática por elementos significativos dentro del ejército». Tras la intervención de la ONU, el gobierno prometió actuar. El jefe del ejército, el general Montoya, dimitió y 27 militares fueron destituidos. Ninguno fue juzgado.
Aunque las autoridades insisten en que han tomado medidas para acabar con las ejecuciones extrajudiciales, las ONG colombianas siguen documentando nuevos casos. Un informe de marzo de 2015 sacó a la luz 230 ejecuciones ilegales -el 37% de ellas de niños- por parte de las fuerzas del Estado desde que el presidente Santos llegó al poder. Casi 7.000 colombianos han sido víctimas de ejecuciones extrajudiciales durante los regímenes de los presidentes Uribe y Santos.
On Their Watch, un informe de junio de 2015, afirma que los altos mandos militares implicados en el escándalo han escapado a la justicia. «Los falsos positivos equivalen a uno de los peores episodios de atrocidades masivas… y cada vez hay más pruebas de que muchos altos oficiales del ejército son responsables. Sin embargo, los oficiales del ejército…. han escapado a la justicia e incluso han ascendido a la cima del mando militar, incluidos los actuales jefes del ejército y de las fuerzas armadas.
Impunidad
La impunidad está en el centro de la crisis de derechos humanos de Colombia. La incapacidad casi total de las autoridades para investigar, enjuiciar y castigar eficazmente las violaciones ha creado un entorno en el que los autores de los abusos pueden suponer, con razón, que no tendrán que rendir cuentas por delitos como las ejecuciones, las amenazas de muerte, la violencia sexual, los desplazamientos forzados y las desapariciones.
En una carta abierta a los candidatos presidenciales de 2014, Amnistía Internacional afirmó que esta cuestión había «contribuido a perpetuar el prolongado conflicto en Colombia». El Relator Especial de la ONU sobre ejecuciones extrajudiciales estimó, en 2010, que la tasa de impunidad por «presuntos homicidios cometidos por las fuerzas de seguridad llega al 98,5%».
En el informe de derechos humanos de la ONU de 2013, de 4.716 casos de homicidio en los que estaban implicadas las fuerzas de seguridad, sólo el 6,2% había llegado a la fase de juicio o sentencia, afirmando que la impunidad era «sistémica». De 219 defensores de los derechos humanos asesinados entre 2009 y 2014, menos del 3% acabaron en sentencia. Naciones Unidas informó en 2013 de que solo el 5% de los casos de abusos contra los derechos humanos terminan en juicio. La impunidad es del 97% en los casos de violencia contra sindicalistas. Cualquier avance que se produzca suele ser contra los pistoleros a sueldo, no contra los que planifican, ordenan y financian los asesinatos.
Las cifras de la Fiscalía General de la Nación, que muestran 79 sindicalistas asesinados entre 2011 y 2014, sólo hubo una condena. Un informe del gobierno de EE.UU. de 2014 afirmó que, si bien hubo dos casos emblemáticos en 2013 -encarcelando a los «autores intelectuales» de los asesinatos de dos líderes sindicales-, había «preocupación» por los asesinatos más recientes.